Della F40 vennero realizzati 8 prototipi, con i seguenti numeri di telaio: 73015, 74045, 74047, 74049, 74327, 75034, 75052 e 76354; ognuno dei quali fu realizzato per testare specifici particolari della futura F40. Tutti i prototipi erano dotati di cinque feritoie su ogni lato posteriore della vettura (sotto l’ala posteriore), in luogo delle quattro feritoie delle vetture di produzione. I prototipi si differenziavano anche per differenti soluzioni degli specchietti (alcuni ne erano addirittura privi) e per il design della parte in Plexiglas trasparente coprimotore con ben 20 sfoghi di minore dimensione in luogo degli 11 dei modelli di serie.
La F40 telaio 74045 dopo aver svolto il suo ruolo di prototipo venne trasformata in F40 LM e successivamente in una F40 GTE, fu iscritta a Le Mans nel 1995 e nel 1996.
La F40 telaio 74047 dopo essere stata presentata al Salone dell’Automobile di Francoforte nel 1987, venne inviata a Michelotto dove venne trasformata in una F40 GT. Si affermò nel Campionato Italiano GT dal 1992 al 1994.
La F40 telaio 74049 è dotata di pannelli in fibra più sottili delle vetture di serie, privi di rinforzi laterali, oltre ad avere le caratteristiche 5 feritoie esclusive dei prototipi ed ha gli specchietti retrovisori con braccio allungato. In particolare inoltre questa “speciale” è dotata del motore siglato F120AB (da notare che le F40 di serie hanno il motore F120A e le F40 LM richiedendo una maggiore erogazione di potenza hanno il motore F120B).
La F40 telaio 76354 venne esposta al salone di Ginevra del 1988.
Anche nell’arco della produzione vennero realizzate alcune vetture che si differenziano dalle vetture standard, per soluzioni estetiche e funzionali.
Nell’anniversario della nascita di questa leggenda dell’automobilismo, Ferrari ha raccolto i ricordi di tre dei suoi artefici: Ermanno Bonfiglioli, allora Responsabile Progetti Speciali, Leonardo Fioravanti, che per Pininfarina lavorò al design, e il collaudatore Dario Benuzzi.